然而，正是这座在孔府建筑群中并不起眼的庙堂，却承载了孔氏族人的情感依附和精神寄托。
报本堂的功用与孔庙大有不同。孔庙主祀孔子，声势浩大，人员众多，例属公祭；孔府家庙祭祀，是大宗孔氏族人以家庭为单位的祖先祭祀，属于家祭。曲阜乃至全国，家族祭祀不尽相同，而报本堂祭祀则凸显孔氏大宗的特点：每位衍圣公不单奉祀高祖、曾祖、祖、父四代，堂正中还要奉祀54代祖先孔思晦的牌位。这种现象在我国家族祭祀中是较为罕见的。
为什么报本堂要以孔思晦牌位居中呢？其中又有什么缘故呢？
原来，这是与南宋初年的国家分裂，孔氏家族的命运与国家兴衰紧紧联系在一起所造成的。南宋初年，衍圣公的嫡长袭封制被打乱了，“衍圣公”一下子出现了南北两位。
靖康元年(1126年)，一向富而不强的北宋被金攻取汴京，掳走了徽、钦二皇帝，北宋灭亡。康王赵构在商丘匆忙称帝，第二年就泥马过江，南逃扬州。为了为自己的政权正名，赵构决定在扬州举行祭天大典。考虑到彰显自己政权的正统性，体现对儒学道统的尊崇，赵构下诏孔子嫡系后裔、四十六代衍圣公孔端友南下陪祀。孔端友奉诏南下，让他万万没有想到的是此去竟是与故乡的永诀。
就在孔端友南下陪祀期间，金兵也分几路南下，占领了淮河以北的大部分地区，曲阜沦为金土。远在南方的孔端友追随着赵构颠沛流离，最后在临安安顿下来。高宗赵构感念他奉驾南渡之情，在衢州为他及南渡孔氏族人家赏赐府邸，并兴建庙宇供奉孔子。此后，孔端友一支的后裔便伴随着南宋王朝在衢州世袭了五代，直到孔洙。
金人占领了曲阜后，立刘豫建立伪齐政权，治理江淮以北地区。刘齐政权为了替自己粉饰太平、体现道统，便立孔端友胞弟孔端操为衍圣公，主持曲阜孔庙的祭祀。这个衍圣公在刘齐政权被废后，又很快得到了金朝的承认。这样一来，同一个历史时期就出现了两个并立的“衍圣公”。（历史上，南宋拥立的孔端友一直被称为南宗，金朝拥立的孔端操一支被称为北宗。）
元统一后，忽必烈要封南宗孔洙为衍圣公，孔洙不受，让位于居住在曲阜的同宗。为此，忽必烈称赞他“宁违荣而不违亲，真圣人之后也”，改封孔洙为国子监祭酒，免去“衍圣公”封号，重新封孔端操之后孔元措为衍圣公。自此，才结束了北宗、南宗并列的局面。
历史是曲折的，故事是混乱的，最为纠结的是其间会有出现三位“衍圣公”并立的奇特现象。
事情还要从蒙古铁骑大举入侵说起。金卫绍王大安三年(1211年)，蒙古铁骑深入了金腹地，金军屡败，蒙古军队一度占领了曲阜。此后，山东成为金、宋、蒙古三个政权不断角逐的地方，考虑到当时衍圣公孔元措的安全，金朝诏令他进京任职，担任太常博士，直到金朝灭亡。 孔元措在汴京任职期间，由他的堂弟孔元用在曲阜摄事，主持孔庙祭祀事宜，长达二十多年，逐步培养了很强的势力。不久，蒙古人占领了曲阜，孔元用率孔族暨庶姓归降，并接受了蒙古大帅“承制封拜孔元用为衍圣公，世袭曲阜县令”的封爵。后来，孔元用随蒙古军出征，战死。其子孔之全袭爵。如此一来，南宋、金、蒙古各有自立的衍圣公，孔氏家族中三个衍圣公并立的局面，在特定的历史条件下出现了。
国家的分裂改变了一个家族的命运，改朝换代也给孔氏家族内部的衍圣公爵位之争埋下了伏笔。
金哀宗天兴元年(1232年)，蒙古大军包围了处于风雨飘摇之中金都汴京。蒙古大汗窝阔台接受谙熟汉族文化的国师耶律楚材建议，为彰显重视儒家文化，派使者到汴京城中“受降”的同时指名索取孔元措等二十七家。孔元措出城后，就遣回曲阜“奉祀”。第二年，又册封为“袭封衍圣公”。这样一来，曲阜一下子冒出孔元措与孔元用两位衍圣公来，于是就发生了冲突。孔元用、孔之全父子在当地经营多年，又接受过并蒙古大帅封爵，俨然以正统自居；孔元措虽有蒙古大汗圣旨，但离乡已久，在曲阜没有根基，自然很难让孔之全屈服。两家争执不下，只好求于山东军阀严实裁决。裁决的结果是双方各让一步，孔元措袭封衍圣公，孔元用世袭曲阜县令。之后，孔元措在蒙古政权的支持下，袭封衍圣公，孔之全、孔治父子心中的不满被压制下来。
后来孔浈的袭爵终于给孔之全父子心中压抑的不满提供了释放的机会，这直接导致了衍圣公孔浈被夺爵事件。
孔浈为孔子五十三代孙，父亲孔之固早亡，祖父孔元绂是孔元措之弟。因孔元措无子嗣，便受袭了衍圣公爵位。可问题是孔浈并非嫡出，认真起来麻烦来了。原来，孔之固正妻任氏无子，于是续了一名农家女做偏房，生下孔浈，不久孔之固就去世了。或许是出于嫉妒，任氏在孔之固去世之后，将孔浈生母许配给一李姓“驱口”（奴隶），孔浈因此一度随母姓李。衍圣公孔元措知道此事后，就把孔浈接了回来，自己抚养。
孔浈袭封衍圣公，让孔之全、孔治再次看到了希望。他们极尽诋毁之能事，联合部分族人状告孔浈“喜较猎，日事鹰犬，不修祖祀”，“不事儒雅”。同时还指责孔浈“非孔氏子”，请求夺去爵位。孔之全等人的举动吓慌了孔之固正妻任氏，因为一旦孔浈被夺爵，她将失去衍圣公母所享受到的地位和权利。因此，任氏连忙上书，列举事实，叙述原委，再三申明孔浈确系孔家子，力保孔浈之爵。这场纠纷越闹越大，“家族共议，词讼无休”，以至于闹到了“漠南汉地军国庶事”的忽必烈那里。最终以孔浈被夺爵告终。但孔之全、孔治父子亦未袭爵，仍分别做他们的曲阜县令和曲阜管民官。
孔浈被夺爵，并没有完全达到孔之全父子的目的，孔之全父子梦寐以求的衍圣公爵位并没有得到。直到忽必烈去世，元成宗即位后，孔治才被召入朝，袭封衍圣公。孔氏世爵中断了四十多年，但孔元措一系与孔之全一系的矛盾并未从此终结。孔治去世后，他的儿子孔思诚袭爵，遭到了孔氏族人的反对，他们认为孔思诚是孔元用的后裔，不属嫡系。上书朝廷，请求罢免孔思诚。元仁宗在查过孔氏族谱后，以为孔宗愿之后孔思晦是孔子嫡裔，当袭封。遂罢免了孔思诚，以孔思晦袭爵。此后的历代衍圣公均为孔思晦之后，所以，此后历代衍圣公在家祭中均摆放孔思晦排位。
国家的战乱分裂戕害文明，扭曲人性，当我们流连在报本堂回顾这过眼的历史故事时，遥望海峡对岸，怎能不引发思考呢？