关中书院始建于明万历三十七年（1609），其前身是关中首善书院。当时关中大儒、工部尚书冯从吾因直谏招忌，削职回陕，在府治东南古刹宝庆寺“联镳会讲”，“相与讲心性之旨”。从游者“几千余人”。因地方窄小不能容纳，陕西布政使汪可受、按察使李天麟等人遂于寺东南小悉园，为冯从吾先生修建“首善书院”，后改名“关中书院”。当时关中书院规模宏大，中间讲堂六间，题匾“允执”（即后称的允执堂）。关中书院取“允执”二字名堂，不仅寓意坚持儒家的中庸思想，而且暗合关中之名。左右各有房屋四间向南排开，东西号房各六间。讲堂后有假山一座，讲堂前有方塘半亩，竖亭于中，砌石为桥。后又新建斯道中天阁一座，以祭祀孔子。书院有门两重，大门二楹，二门四楹，郡丞刘孟真所书“八景诗”以壮其观，学者王大智书隶体为书院题名。书院以朱子《白鹿洞规》为学规。书院建成后，聘冯从吾、周淑远等会讲。经费采取置公田及俸余增置办法解决。从此，关中书院成为西安城里环境幽雅、书声琅琅、夺席谈经、卓彼关儒的求学之地。它与位于东南江苏无锡的东林书院遥相呼应，成为西北讲学议政和培养士子的文教中心。

明朝末年，宦官当权，政治黑暗。冯从吾在京目睹朝政日益衰微，内心无限悲凉，当时他与邹元标、钟龙源等名流相约在北京城隍庙讲学，并创办首善书院，企图以此唤醒人心。不想，首善书院遭阉党查封捣毁，讲学被迫中止。在对当政者彻底失望之后，冯从吾怅然西归，返回故里长安，深居简出、著书立说。唯逢每月初一、十一、二十一日，讲学于关中书院。为避免悲剧重演，冯从吾煞费苦心地一再阐明关中书院会讲内容：“勿及朝廷利害，边报差除，及官长贤否，政事得失；毋及各人家门私事与众人所做过失，及词讼请托等事、亵狎戏谑等语。其言当以纲常伦理为主，其书以《四书》、《五经》、《性理》、《通鉴》、《小学》、《近思录》为主”。冯从吾这样做的目的无非是想远离政治，以此来保护关中书院。但即便如此，最终也未能逃脱阉党魔掌。当时把持朝政的魏忠贤阉党集团，借镇压东林书院之机，顺势诋毁并加害于关中书院。明天启六年（1626），熹宗皇帝下旨：“一切书院俱著拆毁。”时任陕西巡抚的乔应甲为迎合主子魏忠贤旨意，遂于同年十二月将关中书院捣毁，并将书院“斯道中天阁”中供奉的先圣孔子塑像“掷之城隅”。一代大儒冯从吾面对此奇耻大辱，不胜愤慨，以绝食抗争，不久，即抑郁而死，享年七十一岁。

崇祯二年（1629），毅宗皇帝追赠冯从吾为光禄大夫、太子少保，谥号“恭定”，同时下令修复关中书院。1632年，关中书院在冯从吾含恨去世六年后，被重新修葺，冯从吾的牌位也被供奉于关中书院的斯道中天阁。

明末清初，战火连连。关中书院中的士子们四散逃去。烽火连天中，关中书院成了官府囤积弹药的库房，几近废墟。这样一直到清康熙三年（1664），时任陕西巡抚的贾汉复令西安知府叶承祧、咸宁知县黄家鼎重修关中书院。扩建了院址，增设东廊，作为讲学先生的寓所，并设西圃，作为学生憩息之场所。在允执堂后又建“精一堂”五楹。另外，还建立左右肋堂及两厢各五楹，并将书院大门由向西改为向南开，始建“关中书院”牌坊。至此，关中书院规模空前，一度成为督学使署。

七年后，康熙十二年（1673），总督鄂善再次修复关中书院。此后，经再三聘请，关中大儒李二曲开始主持关中书院，立《关中书院会约》、《关中书院学程》，重开会讲，听讲者众。李二曲登台讲学时，“德绅名贤，进士举贡，文学子衿之众，环阶席而侍，听者几千人”，连总督鄂善、陕西巡抚阿席熙也来听讲。这是继冯从吾之后，关中书院的再度复兴。但是，遗憾的是，随着李二曲的离开，关中书院又开始走向衰落。

雍正十一年（1733），朝廷向关中书院赐帑银1000两以增膏火，并将关中书院列为省城书院。乾隆二十一年（1756），赐御书“秦川浴德”匾。乾隆三十六年（1771），陕西巡抚毕沅赴任后，认为关中书院关乎风俗教化，遂下令对书院大加整修，并延请江宁进士戴祖启主持院务。“不数载，关中乡会试中膺馆选者大半皆书院之士”。同治十二年(1873)，布政使谭钟麟订《书院课程》5则：“重躬行、辨经义、稽史事、通时务、严课程。”但好景不长，太平天国起义，战火再次燃起，当局已无暇顾及文教事业，关中书院再次衰落。

清光绪七年（1881），时任陕西巡抚的冯誉骥再次下令整修关中书院，书院功能有所恢复。当时附设志学斋于院东，购置图书并增加膏火。住院诸生讲习，日有札记。越数年，按察使黄彭年、布政使曾龢又立斋舍，并购书赠书院。时考课以诗、古文词、八股试帖、策论、杂著。每月官课1次，获超等、特等诸生奖赏膏火，一等以下无奖赏；每月堂2-3次，院长主之。获超等、特等诸生可得膏火，无奖赏，一等以下无膏火。经过此番整顿，关中书院无论是从教员管理到学生管理，还是图书资料建设、教学质量等多方面均得到加强，关中书院的学术声望显著提高。

清光绪二十九年(1903)，陕西巡抚升允奏请朝廷，改关中书院为优级选科及初级完全科两级师范学堂。1906年，关中书院因兴新学，再度修葺一新。院内房屋总计370余间，书院占地130多亩。不久，改为陕西师范大学堂，时为西北五省最高学府。此后，关中书院便开始由传统经学教育转向接受西方现代教育。

民国初年，关中书院改为省立师范学校，直至1949年解放。新中国成立后，关中书院被列为陕西省重点文物保护单位。期间，曾一度改名为“陕甘宁边区师范学校”，1950年恢复原名“陕西省立西安师范学校”。1963年，西安师范学校撤销，西安市第五中学迁入。次年，在省市文化部门的主持下，拆除了师道中天阁，在其原址上建起宿舍楼。1982年，“西安市师范学校”与“陕西师范大学西安专修学院”合并为西安师范专科学校。1985年，学校一分为二，一部分为西安师范专科学校（翠华路校址），一部分为西安师范学校（关中书院校址）。2009年，西安师范学校并入西安文理学院，成为西安文理学院书院校区。

关中书院从明万历三十七年（1609）创立，到清光绪九年（1903）易名，先后历时294年。数百年来，关中书院历尽沧桑、屡遭劫难，但它始终弦歌不辍、薪火相传。明清两代在关中书院先后讲学、任教的著名学者有：冯从吾、周淑远、龙遇奇、萧辉之、王宏撰、李二曲、史复斋、戴祖启、孙酉峰、路德、柏景伟、牛兆濂等。名师出高徒。关中书院先后培养了众多名垂青史的人才，如：明代焦渊博、祝万龄；清朝开国后陕西第一个状元王杰，乾隆年间进士、官至吏部的王零川，嘉庆年间进士、东阁大学士、爱国名相王鼎，道光年间进士、东阁大学士、“救时宰相”阎敬铭，绝意仕进、力主变法、有“南康（有为）北刘（古愚）”之称的刘古愚，同治年间进士、军机大臣赵舒翘，光绪年间进士、维新志士、被誉为“关学宗传”的宋伯鲁等，灿若星辰。

特别值得一提的是，作为陕西最高学府，关中书院对关学的复兴与传承做出了巨大贡献。1666年，王宏撰主讲关中书院，不论科举时艺，惟重人品与文格，主张人贵诚，文贵简，成为清初关学复兴的倡导者。1673年，李二曲出任关中书院山长，讲授阳明心学，成为关学在清初复兴的重要代表人。李二曲弟子孙景烈长期在关中书院讲学，造就颇众。1865年，刘古愚肄业于关中书院，其后创办味经书院、崇实书院教授生徒，创建时务斋，推行维新主张。陕西维新之士李岳端、报界宗师张季鸾、国民党元老于右任，都受业于刘古愚。1887年，柏景伟主掌关中书院，以“同为关中人，当同以关学相助，孳孳于修己治人之学”劝勉诸生。1903年，被称为“关学最后一个大儒”的牛兆濂出任关中书院总教习，以身倡导，毅然肩负起复兴关学，“为往圣继绝学”的神圣使命。

关中书院至今已有四百余年历史。四百多年来，关中书院为陕西的文化教育事业做出了巨大的贡献，已成为一种精神的象征，深入到每一个陕西人的骨髓和血液，影响陕西人的性格情操、风俗习惯，已成为一种“历史的记忆”和“精神的基因”。