大凡以玉皇阁命名的道观，多建于明代中后期，且以山林道观居多。古代修道有祈禳、存思、养性、内丹、外丹等多重方式。求的是“清静无为”、“离境坐忘”，所以需要安静、不受外界干扰的基本环境。为了避开城市的嘈杂，多数道士、道姑到深山老林中去修道。尽管城市中也有道观，但多数道观同佛寺一样选择安静、空旷、风景优美的山林之中，隔绝与世俗的繁华，营造道教中的洞天福地。因此，道观所处的环境一定是人间仙境，更是风水宝地。
从阴阳学、风水学角度看，鲁都曲阜南北各有一条蜿蜒起伏的圣脉风水带，均起源于尼山。北线从尼山、双山、五营山、防山、八宝山、旧县大岭到五泉庄接鲁国古城延伸到孔林为末端，在这条风水带上，有孔子出生地、周代鲁诸公墓、梁公林（孔子父亲）、东颜林（颜子墓）、宋景灵宫（道观）、少昊墓、颜庙旧址、霸王坟（项羽墓）、西颜林、盛国寺、孔林等，这是孔氏家族和颜氏家族认定的风水圣脉。这条圣脉孕育了至圣孔子和复圣颜子。南线从尼山、昌平山、盘龙山、四基山、守羊山、九龙山、亭山到马鞍山凫村为末端，在这条风水带上，除孔子出生地，有孟子墓、孟林、玉皇阁、二贤坟（柴家峪古墓）、明代鲁王陵（荒王陵）、西汉鲁诸王墓、孟母林、凫村（孟子出生地）等，这是孟氏家族认定的风水圣脉。这条风水带孕育了亚圣孟子。从两条风水带所布局的古代文化遗存看，古代的庙宇、寺院、道观、高规格的墓葬等，也大都选择在风水带上。玉皇阁位于南线圣脉的中部，孟子墓、孟林所依的四基山向北延伸，经过凤凰山折转成勾字形山脉的末端巅峰。东接凤凰山，南对四基山，西瞻九龙山，往北俯瞰沂河平川。风景秀美，得天独厚。
玉皇阁始建年代大致在明末或明清之际，原有大门、院墙、阁楼等建筑，几乎占据整座北阁山，总面积约2800多平方米。北阁山之阳修有盘山小道，崎岖蜿蜒，拾级而行直至山门。阁楼三间，原为上下两层，上层为砖木结构，中间有泥塑玉皇像；下层为石质墙体，券门3间前后相通，中间为碧霞元君，两侧内部推测为东西王母。
北阁山原名“玉秀山”，石质花纹似彩，层次清晰美观，故曰“玉秀”，也称“金盛山”，因有玉皇阁而被当地百姓俗称为“北阁山”。之所以叫北山，故名还有东西南山。距离最近的是东南方向的凤凰山，凤凰山名称来由有三种说法：一说此地曾经落过凤凰而得名，二说此山形似凤凰而得名，三说此地埋葬过凤凰而得名。凤凰山以西有守羊山，附近有大型柴家峪汉墓，俗称二贤坟，直线距离不足500米。柴家峪汉墓埋葬的何许人还无法得知，百姓传说的二贤王却是一个古老的故事，有当地百姓传唱的一段戏词为证：“昔日里有二英贤，兄弟二人让江山。兄让弟唻弟不坐，弟让兄唻兄不贪。兄弟二人都不坐，让给宫里当家官。东华门逃出了大太保，西华门跑出了二英贤。无处逃来无处躲，兄弟二人奔到守羊山。要是饿了吃柏籽，要是渴了饮清泉。五黄六月都好过，就是愁着十冬腊月天。山东冻死了大太保，山西饿死了二英贤，封他嚇嚇二神仙。”从百姓流传的戏词里，仿佛感觉到所谓的“二英贤”应该是东汉鲁王王子的墓葬，其真伪还有待于考证。柴家峪古墓被公布为曲阜市重点文物保护单位。
北阁山向西南至九龙山南麓为明荒王陵，即明太祖朱元璋第十子朱檀及其嫔妃的陵墓，直线距离约3000米。向西北至九龙山北麓到西汉鲁王墓群，直线距离约3000多米。向南与孟子墓、孟林隔四基山相望，直线距离约1500米。嗟呼！区区方圆数里之内，聚集了这么多皇亲贵胄的阴宅地府，诚可谓阴宅之大观矣。
按八卦数里来看，北阁山位于阴宅区域的东北方向，属于八卦的“坤”向，五行属土，阴阳属阴，应为祭祀土地社神的方位，在此修建玉皇阁来祭祀三界真主玉皇大帝等诸神仙，也恰恰证实了这一阴宅区域的规格之高，远远超出了“土地神”所能应有的庇佑能力，因为众多的阴宅墓主的官职爵秩都在土地神之上。也由此得知此道观应为坤道道场。果不其然，经调查得知，北阁山玉皇阁的确是坤道场所，原有道姑主事，建国后，该庙驻有2名道姑，一直到二十世纪五十年代还俗，被当地政府安置于大峪村居住。
大峪村，在北阁山下，位于北阁山、凤凰山、四基山北麓形成的U形山谷的谷口，村南即是守羊山柴家峪。据说守羊山曾经有一眼很大的山泉，泉水自半山涌出润泽山谷，人们近水而居，因此才有了大峪、小峪、柴家峪等三峪之地。在当地流传着一个“金锅盖泉”的传说，给整个区域蒙上了一层神秘色彩。传说柴家峪古墓周围曾经有过一口较大泉眼，并伴有清澈的泉水流出，常年不息，但后来泉眼被“南蛮子”用金锅盖住，原因无从考察。而后，泉水断流，泉眼却再也没有流出水，慢慢就被历史湮没了。附近百姓对这一传说深信不疑，为了寻找泉眼，建国后还曾有人组织民众去守羊山挖泉，结果一无所获，疲倦而归。经过历史的演化巨变，这个传说中的泉眼究竟是不是存在，有没有泉水汩汩不息，今天我们不得而知。
作为人们的精神寄托，当地百姓对于玉皇阁的神灵深信不疑，即使在玉皇阁门墙及阁顶毁坏以后，逢年过节仍有很多的信民来此地上香花纸，致祷祈福。建国后也多次有村民自发组织来此地求雨、求药，上世纪八十年代还曾经吸引了附近数县市的道教信民几百上千人来此跪求神仙灵药，一度引起了当地乡镇政府及公安部门的高度重视。
玉皇阁现存的阁楼仅留底层，东西长10米，南北宽3.5米，每间内遗存有砻刻残石雕神像。其中，中间石像无首，呈坐式，高1米，根据当地老人回忆下层三座石像均为女像，中间当为碧霞元君；西间石像残存下半身，呈坐式；东间石像断为三截，形体并不清晰，现只可看出大体轮廓。东西两座石像疑为东、西王母。三尊塑像的衣着纹饰皆为线阴刻，且清晰可辨，具有明代石雕特征。2008年，曲阜市第三次全国文物普查时对玉皇阁进行了仔细地勘察，详细地分析，最终大体划定北阁山玉皇阁的年代为明清之际。2012年12月被公布为济宁市重点文物保护单位；2013年10月公布为山东省重点文物保护单位。
玉皇阁附近有许多掉落的石刻构件，地上有少量的砖瓦碎片，大门、院墙已荡然无存，通往山下的神道也已被损毁殆尽。山下U形山谷中，因风水独好又属于阴宅之上上佳地，被开发成为了花园公墓。北阁山玉皇阁作为文物保护单位，随着文物保护级别的升高和山下“坤和园”大型公墓的开发，必将受到人们的重视和关注，我们有理由相信在不久的将来，对于玉皇阁的保护、观展和利用，一定会有积极作为的。