孔林是中华民族伟大的精神文化导师孔子长眠的地方；是儒家的一处圣地。这里到处绿草菌菌，树木森森。遍地生长的楷、槲等树根深叶茂，茁壮成长。一株株古柏、古桧、古松郁郁葱葱，青翠而立。有些裸露的树身，铁杆虬枝，藤萝蔓延。掩映在这古木怪树、茫茫林海中的石仪碑碣和点点坟茔，给孔林增添了几多古朴幽深、沉静肃穆。
鲁哀公十六年（公元前479年），奔波了一生的孔子，终于停下了脚步，带着对人生的遗憾和未了的心愿，离开了这个世界。终年七十三岁。孔子死后，灵柩被安葬在鲁国都城曲阜北部的泗水之滨。弟子们为孔子守丧三年，而子贡则在孔子墓旁修筑草庐，足足守了六年。后世到这里来拜谒、凭吊这位伟大先哲的人越来越多，遂在周围广植树木。而孔子的后世子孙们也纷纷附葬于此，又刻石立碑，渐渐形成了一个颇具规模的孔氏陵园，这就是今天我们见到的孔林。
孔林能达到今天的规模，是在历史上逐渐形成的，也是儒学在中国漫长的封建社会中所处的正统地位所决定的。
孔子之后，孔子的孙子孔伋及裔孙孔白、孔求、孔箕、孔穿、孔谦也先后葬于此。至战国末期，这里至少已有八座孔氏坟冢。他们按照古代的昭穆秩序，分布在孔子墓的周围。西汉时“孔子冢大一顷”，林地发展的雏形已基本形成。东汉又设孔林守墓官员，按时进行洒扫。并有树数百株，相传为孔子弟子们亲手栽植的树木。至此，孔林的形制才初步完备。宋文帝元嘉十九年（442年）十二月，下诏修孔子庙，复学舍，招生徒的同时，又诏卫护孔林，免除孔子墓侧孔景等五户课役，以供洒扫，并于林内植松柏六百株。孔林的现状，得到改观。
北魏太和十九年（495年），孝文帝至阙里祭祀孔子墓，并诏兖州府官员为孔子墓起园栽柏，修饰坟垄，更新碑铭。隋唐以后，历代皇帝对孔子之道尊崇有加，同时愈益关心起孔子墓园的守护。咸通四年（863年），唐懿宗拨给五十户供林庙洒扫。后周太祖广顺二年（952年）六月，太祖郭威平定兖州后，至阙里祀孔子庙，拜其墓，勒令地方官修建林墓，严禁百姓到孔林中砍伐樵采。宋大中祥符元年（1008年）十一月，宋真宗赵恒封禅泰山返京过阙里，拜谒孔子庙后，又拜其墓，增加守林人二十户。宋、金征战之时，进入曲阜的金军元帅曾下令保护孔子林庙。此时，孔林的形制已完备，墓地规模也相当宏大。
明代是孔林的大发展时期，面积扩至1800亩，并增加许多新建筑和洒扫林户。清康熙二十三年（1684年），皇帝玄烨到孔林瞻拜孔子墓，问及孔林面积，孔尚任以族众日繁、附葬无隙、坟积累累作答，皇帝问何不开扩，孔尚任见机乞请：林外皆为版籍民田，欲扩不能，尚望皇上特恩。皇帝答应了他的请求，下诏扩展孔林。林地扩大后，六十八代衍圣公孔传铎又新修孔林围墙14.5华里，林墙高3.5米，厚约1.5米，又于其内植侧柏500余株，四界还设林头和林役看管树木。此时的孔林面积以达到了3000亩。
关于孔林的地理位置和风水之说，古人多有论及。说是，孔林北倚泰岱，南俯黄河，这是孔林的外廊。近则梁甫峙其背，沂水拱其膝，洙泗交流，襟带环绕，龙脉五枝，出自防山，文案一带，钟于曲阜。天下水东流，独泗水西注。因此说，孔子葬于泗上，泗水为之却流。
另有人说，孔林的外形很象凤鸟。孔尚任《阙里志》卷三云：“形家又说，孔圣凤德，藏于凤穴，故孔林绝似凤形，尾翅目咮，种种天然，而五色凤毛，熠熠炫日，尤称毕肖。”
因为孔子有凤德，所以孔林的形状象凤鸟。
凤鸟，即凤凰，古代传说中的神鸟。《山海经·南次三经》曰：“有鸟焉，其状如鸡，五采而文，名曰凤凰。首文曰德，翼文曰义，背文曰礼，膺文曰仁，腹文曰信。是鸟也，饮食自然，自歌自舞，见则天下安宁。”孔子早年曾听郯子说：“少皞挚之立也，凤鸟适至，故纪于鸟。”孔子对此非常钦慕，便“见于郯子而学之。”（《左传·昭公十七年》）
《论语·微子》曰：“楚狂接舆歌而过孔子曰：‘凤兮，凤兮！何德之衰？往者不可谏，来者犹可追，已而，已而！今之从政者殆而！’孔子下，欲与之言。趋而辟之，不得与之言。”这是孔子在周游列国途中发生的一件事。楚国的狂人接舆唱着歌经过孔子的车前，唱道，凤凰啊，凤凰啊，你的德运为什么衰退了呢？过去的事情已经不能换回了，未来的事情还来得及补救。算了吧，算了吧！如今那些从政的人都很危险啊！孔子下车，想要和他说话交谈，。他赶快避开，孔子没法和他说上话。
接舆这个人，很象是一个隐者。在这里他把孔子比作凤凰。
凤凰是在贤明的国君出现之后才出现，而孔子这个时候活动又有什么用呢？这说明孔子生不逢时。他说孔子作为一个贤人，在这乱世之中为什么要四处奔波呢？他这么说其实是有道理的，如果社会清明，国君重视仁德和人才的话，那应该是国君去找贤臣才对，哪有贤臣去找国君之理？而如果国君昏庸，社会动乱，那贤德的人即使四处奔波又有什么用呢？而且仕途险恶，弄不好落得比干和箕子的下场。天下大局早已无法收拾了，还不如及早归隐。
除了接舆，老子也曾经将孔子比喻为凤凰。《太平御览》辑古《庄子》佚文中记载，孔子带着弟子拜见老子，老子说孔子“凤鸟之文，戴圣婴仁，右智左贤”。可见孔子之德已经为当时的贤者所赞许。
孔子在周游列国四处碰壁后，意识到自己已无法施展抱负，而企盼已久的太平盛世也不会出现了，不禁悲叹道：“凤鸟不至，河不出图，吾已矣夫！”（《论语·子罕》）这是孔子比喻自己生不逢时，圣王不出，孤掌难鸣，无可奈何的心情的感叹。凤鸟也不飞来了，黄河里也不再出“河图”了，我的大道再也没指望实现了。
确实，如果一个人花十四年的时间，历经坎坷，试图用自己的才学去兼济天下，仍然不见所用，换成谁都会心灰意冷的。所以，孔子终于放弃了努力，回到了鲁国，寄情于教育弟子和整理典籍。
“凤鸟至，河出图”，是孔子用来比喻圣人降临，天命有归的现象，属祥瑞说的范畴。令孔子万万没有想到的是，后儒们将祥瑞之说，视为了儒学的一部分，观测和解释这些现象，也成了儒者的重要工作。到了汉代的时候，谶纬之说随着古文经学这个派别成为官学而成为当时的显学。后世的皇帝也常用祥瑞之说来为自己张目，而以儒者为主体的臣子们，也把发现祥瑞作为自己政绩的表现，向皇帝汇报。
孔林除了“凤形”说之外，另外还有一种“卧龙”说。
孔子的故里在曲阜。“曲阜”两字始见于《礼记·明堂位》。东汉应劭解释说：“鲁城中有阜，委曲长七八里，故名曲阜。”《风俗通义·释名》说：“土山曰阜。”其实，“曲阜”之“阜”东起防山，蜿蜒西向孔林，宛如一条卧龙。至今，曲阜当地民间仍有“孟（林）占高，颜（林）占洼，孔家占了龙尾巴”之说，充分说明了孔林所处的地脉之好。
清康熙二十三年（1684年），经皇帝玄烨批准，孔林进行过一次大增扩。“东、西、北三面酌量增扩地一百五十五丈七尺，共一十一顷十四亩九分。”（《孔府档案》五一Ｏ三）这次扩地，六十七代衍圣公孔毓圻，确实是花费了一些心思，他特意请来了当时著名的风水大师，真定府的封麓老人，前来相地划线。“上元甲子冬，皇上幸阙里，钦赐扩林。余自乙丑春二月，详阅圣林，乃凤凰展翅形，按形扩之，曰十一顷余，内选上地三处：一东北龙凤呈祥；一正北卧龙隐山；一西北回龙顾祖。此系泰山起祖，防山发脉，洙泗夹送，不暇详述。比入局亥龙入首。其星脑圆身高面平，故名曰正体。”（《康熙二十五年开拓林地记碑》）
历来，孔林被称为“圣脉”，严加呵护，一草一木，一土一石，都在禁止采伐之列。
清道光二十八年（1848年）九月，孔林后农民苗继魁、张秀松、刘怀珍等人，将孔林后的护坡耕毁种田，被人发现：“林后护煞，最忌破损，是以耕浚挑挖，例有攸禁。凡林如是，圣林何独不然。族于八月二十日从林后经过，见其田禾与圣林毗连，不分境界。因问侵种林基由来，不意被苗继魁、张秀松、刘怀珍等多家结党，将护煞堤岸尽行耕毁，侵种自肥。现有东西南北志石，伊等视为废物，毫无忌惮。似此任意侵种，损人利己，有妨圣脉，情何以堪。”（《孔府档案》四一九八）孔府接到报案后，立即传案讯究：“据禀，刘怀珍等侵种林基，有碍地脉等情，如果属实，有干例禁，候传案讯究！”（同上）
光绪二年（1876年），佃户刘甲坊，在“圣脉”上开塘取石，被孔氏族人孔昭寅告发：“曲阜城东防山一座，龙脉一道，为圣祖发祥之地，所以历有封禁，不准开塘。近有佃户刘甲坊仗恃富豪，擅开石塘，斩绝圣脉。”（《孔府档案》四九二一）孔府得报后，马上派三品执事官孔庆镗，前往调查，并迅速将案件移交到县衙，严加究办！
孔林不但象凤、象龙，而且还是一块风水宝地。
古时，人们特别注重墓地的选择，如果选择一块好墓地，对子孙后代是很有好处的。《后汉书·袁安传》记载，袁安的父亲死后，他的母亲要他外面出访葬地。有三位书生指着一块地说：“葬此地当世为上公。”袁安照此办了，后来他勤奋读书，当了大官，人们都以为是葬地选得好。东汉末年，孙坚的父亲死了，四处访求葬地，埋葬了父亲。后来，孙坚当了长沙太守，他的后代孙权至孙皓四世称帝，风水先生就说这都是葬地决定的命运。
根据这个理论，孔林应当为天下第一风水，因为自汉代后，孔子后裔，世代封爵，荣禄富贵，承袭不衰。风水宝地，非此莫属。
据说，孔林这个地方，独特之处，还在于“得水”。一条古老的泗河从孔林的北边绕过；清洌的洙水，由东西流，穿林而过，泉水喷涌，长流不断，滋养着草木繁茂生长，呈现一派生机勃勃。正所谓，有树木，才有生气，才能藏风得水。《黄帝宅经》说：“以形势为身体，以泉水为血脉，以土地为皮肉，以草木为毛发，以舍屋为衣服，以门户为寇带，若得如斯，是事严雅，乃为上吉。”明代蒋平阶的《水龙经》说得更明确，认为相地，以“得水为上”。
另外，在孔林的修建和设计方面，后人也特别注重阴阳五行及风水方面的问题。如，孔林的神道与甬道轴线于南北方向均有不同程度的偏斜。大林门前神道北偏东5度，自大林门至二林门的甬道北偏西5度，孔子墓享殿前的甬道轴线偏西更甚。在大林门明间砌造的东南角阶沿石上刻“巳山亥向”四字，可以证明该建筑当年确经勘舆家罗盘定位。巳亥是西北和东南方位，显然是有意避开子午线。
据《周易》说卦，八卦之图有二。一为乾坤居南北，离坎居东西，所谓乾坤纵而六子横，易之本也。二为离坎居南北，震兑居东西，所谓震兑横而六卦纵，易之用之。宋邵雍认为文王作易，前者应天之时，后者应地之方，故阴阳风水家皆取后者为用。
离者南方之卦，为火，坎者北方之卦，为水。勘舆家附会以相冲相克之说，认为子午的属相，就是水火，是相互冲突，不能和合的，所以不论阳宅阴宅，其方位必须偏离正南北，以不犯“子午冲”。墓地风水的好坏关系到子孙繁衍与家道的命运，孔林的风水更与国运休戚相关，因此，从封建帝王到衍圣公都是极为重视的。
然而，即是风水宝地，亦不能永保大吉。时至民国时期，洙水已竭。孔子七十七代孙孔德成，紧急呼吁，重浚洙源：“我国文化发源地洙泗并称，而洙水源头久经湮没……河流壅塞，已历有年所矣。成以冲龄，遭时多故，睹源泉之将竭，慨河道之未通，每念及之，惄焉如捣。”（《民国十七年重浚洙源记碑》）又说，“数千年文教之衰，为中外人观瞻所系，非独有益于一乡一邑一人一家而巳也。而我国文化之复兴其庶几乎！”（同上）泉水枯竭，风脉受损，这或许是人们常说的定数使然吧。