（一）决策机构

　　中国孔子基金会理事会

　　中国孔子基金会第六届理事会有18名理事、3名监事，主要由儒学领域专家学者、企业家和秘书处干部组成。

　　（二）执行机构

　　中国孔子基金会秘书处

　　下设综合部、组织人事部（机关党委）、研究生部、学术研究部、传播普及部、国际交流部、文献期刊部、基金管理部。

　　（三）内设机构

　　中国孔子基金会学术委员会、中国孔子基金会基金管理委员会、中国孔子基金会孔子学堂推进委员会。

　　（四）分支机构

　　中国孔子基金会明德文化专项基金、中国孔子基金会德本教育专项基金委员会、中国孔子基金会兰陵文化专项基金管委会、中国孔子基金会领导干部学国学专项基金委员会、中国孔子基金会大哉孔子文化产业发展专项基金管委会、中国孔子基金会经典传习专项基金管委会、中国孔子基金会世界文明发展专项基金管委会、中国孔子基金会曾仕强教育专项基金管理委员会、中国孔子基金会孔子学堂发展专项基金管委会、中国孔子基金会新时代儒商专项基金管委会、中国孔子基金会“大国工匠”非物质文化遗产传承保护专项基金管委会、中国孔子基金会泰山文化专项基金委员会、中国孔子基金会体育文化专项基金委员会、中国孔子基金会民族文化融合发展专项基金委员会等14个专项基金管委会。

　　（五）代表机构

　　中国孔子基金会曲阜办事处