即已倡导的“兰学”传统，全面吸收西方的哲学、伦理、政治、法律、历史、教育等思想，批判以儒学为主的封建意识形态。这种批判触及了儒家以封建纲常为表现的等级观念和儒家传统所维护的封建制度。例如福泽谕吉在《劝学篇》中批评“政府职能在于牧民”的说法，认为“主张正贵贱上下名分，乃源于欲行专制之权”，（2）他的这部著作在当时日本曾风行一时。他又进一步指出儒家“一半是属于有关于政治的学问”，“生在今天的世界而甘受古人的支配”，儒学是“造成了社会停滞不前的一种因素”。（3）而政府方面在批判旧传统时则采取了更为激烈的行动，甚至曾下令“废佛毁释”，并根据新学制把实行儒学教育的私塾和“寺子屋”大多关闭，各藩的藩学也纷纷停办。社会上，如潮水般涌入的西方资本主义文化猛烈地冲击着属于东亚文化圈的日本文化，一时间泛滥起视传统如敝屣，甚至衣食住行皆以模仿西方为荣的风潮。
近代东西方文化冲突，不只在纵向上表现为西方近代先进文化和当时东方落后的封建文化的差异，而且在横向上也表现出东西方两种不同类型文化的差异及不同民族深层文化心理的冲突。如何对这两者做出清醒的分析，往往是不容易的。“脱亚入欧”作为在明治初期之后提出的理论口号，亦有它的局限性：一方面，它以明治初期启蒙运动和“西化”之风为背景，表现出激烈批判和否定儒学、割断甚至抛弃传统的特征，另一方面它又深藏着日本民族面对西方文化冲击所刺激的民族情绪。这种情绪不像在近代中国那样表现为对西方文化的逆反，而是一种对东方文化的哀怨。强烈的西化之风也造成日本民族文化心理的失衡，因而“脱亚入欧”的另一个侧面便表现为由批判而痛恨儒学，由痛恨儒学而转为鄙视儒学及鄙视产生和传播东方儒学的东方国家——在日本，则欲以欧洲文化取代儒学和东方传统文化。例如福译谕吉曾说：“在今天的社会上，一方面实行专制，一方面受到专制的压迫，这不能完全归咎于现代人，而是由于多少代祖先传留下来的遗毒。助长这种遗毒传播的，又是谁呢？汉儒先生们的确起了很大作用。”（4）而代表自由民权运动的思想家植木枝盛则在他的《男女及夫妇论》中大声疾呼：“妇女们，抛弃儒学，撕毁四书五经及小学之类。它们都是你们的仇敌。”（5）
明治初期全盘西化、割断传统的倾向至明治中期得到了一定程度的纠正，这就是在思想界兴起了重新追寻传统，对中西文化进行比较，探索自身文化发展道路的风气。例如大西祝指出：“当今我们思想界的重要任务，是在把东西各种思想进行比较、判断和批判，并认识其倾向及其价值。”（6）他看到当时日本思想的混乱状况，西洋主义、日本主义、激进主义和保守主义对立交错，传统儒教、佛教思想与新流入的西方思想混杂，因而主张在东西文化的交融中创造日本的现代文化。他说：“如若在我日本开创某种特别的新思想，那也必将是在斗争和调和之间完成。”（7）井上哲次郎则自言其志：“自己在研究西方哲学的同时，不放松东方哲学，企图以两者的统一融合为已任。”（8）由此可以看出，这些思想家是自觉地抵制欧化之风，并重新认识东方文化的。
值得注意的是，许多思想家将回归传统、复活儒学的思想主张直接与国家整备及文教政策的调整结合起来，这就使得儒学的地位问题与明治政府实施现代化的方略及国民道德教育的方向密切相关。例如明治十二年（1879）元田永孚倡导醇化风俗为目标的思想善导政策，他的提案（“教学大旨”）是凭借天皇“侍讲”的地位，用天皇意见的形式提出来的。元田永孚针对文明开化后品德恶化，风俗紊乱的思想状况，主张“道德之学以孔子为主”，根据“祖宗的训典”阐明“仁义忠孝”的品格；而代表开明